Los acontecimientos históricos que precedieron a esta batalla se han de encontrar en el intento frustrado por parte de Napoleón de invadir las islas Británicas, en el que la escuadra franco-española debía distraer a la flota británica y alejarla del Canal de la Mancha para dirigirla hacia sus posesiones en las Indias Occidentales. Este plan de distracción fracasó, y se agravó con la consiguiente derrota de Finisterre[3] (22 de julio de 1805). Tras esta derrota, la flota se dirigió al puerto de Cádiz, de donde zarparía el 19 de octubre hacia Trafalgar.
La reciente alianza entre Carlos IV de España y Napoleón I de Francia, merced a los tratados de San Ildefonso[4] (1796) y Aranjuez[5] (1800) firmados con la anterior República Francesa y por el interés de la recuperación de Gibraltar, obligaban a España no sólo a contribuir económicamente a las guerras de Napoleón, sino a poner a disposición de éste la Armada[6] [7] para combatir a la flota inglesa que amenazaba las posesiones francesas del Caribe.
Dado que la intención última que perseguía Napoleón al querer anular a la flota inglesa era abrirse camino para una futura invasión de las Islas Británicas, se urdió un elaborado plan para distraer a la marina inglesa mientras se efectuaban los preparativos de dicha invasión. Al tiempo que las numerosas tropas de infantería francesas se agrupaban en Boulogne-sur-Mer (cerca del paso de Calais) a la espera de transporte marítimo, la escuadra francesa al mando de Villeneuve se uniría con la española, iniciando una acción sobre las posesiones inglesas del Caribe que tenían como finalidad atraer al afamado almirante Nelson a la zona, alejándolo del Canal de la Mancha.
A la mañana siguiente, con niebla y una confusión general, ambas flotas se encuentran a 27 km. de distancia. Calder, con dos navíos españoles capturados y evitando otro combate con la intención de no dañar más aún sus navíos, marcha rumbo norte. Villeneuve se dirige al puerto de La Coruña, donde llega el 1 de agosto, con la intención de reparar sus navíos. Desobedeciendo las órdenes de Napoleón —que le mandaban dirigirse a Brest y Boulogne— se dirige hacia el sur, refugiándose en el puerto de Cádiz, a donde llega el 21 de agosto.
Visto desde una perspectiva histórica es posible que esta retirada le sirviera a Napoleón para continuar en el poder, ya que es dudoso que, de haber embarcado a su Grande Armée[8] hacia Inglaterra, hubiera podido resistir a las fuerzas combinadas de Austria y Rusia que estaban preparando el ataque por el este y a las que, con posterioridad, vencería en la batalla de Austerlitz.[9] Por lo que sea, por suerte o por casualidad, la derrota que la flota combinada sufriría en Trafalgar afianzaría la posición de Napoleón en el continente. Aunque haber conseguido vencer a Inglaterra hubiera sido un gran espaldarazo a sus planes europeos, y todo un cambio de rumbo estratégico del continente. Quizás incluso hubiera anulado a rusos y austriacos, los cuales dependían del suministro marítimo británico, dado el bloqueo continental[10] existente. Con la flota franco-española atracada en el puerto de Cádiz, Napoleón cambió de estrategia y ordenó que se dirigieran a apoyar el bloqueo de Nápoles, al tiempo que enviaba un sustituto para Villeneuve, que había caído en desgracia a ojos del Emperador. La llegada del sustituto de Villenueve pudo ser uno de los motivos por el cual se adelantó la salida de la flota hacia Trafalgar.
El general Mazarredo llegó a comentar lo siguiente acerca de la composición de la flota en su momento: «Llenamos los buques de una porción de ancianos, de achacosos, de enfermos e inútiles para la mar». Estas palabras serían más tarde refrendadas por el mayor general don Antonio de Escaño, que escribió en su Informe sobre la Escuadra del Mediterráneo lo siguiente: «Esta escuadra hará vestir de luto a la Nación en caso de un combate, labrando la afrenta del que tenga la desventura de mandarla». De forma que se puede observar la impresión pesimista que los oficiales de la flota española tenían antes de la batalla. Incluso los altos mandos españoles habían expresado las nulas posibilidades en un enfrentamiento directo contra la flota inglesa, y propusieron una estrategia de esperar en el puerto el paso del invierno, a la par que la flota inglesa podía verse debilitada en la mar mientras los bloqueaban y soportaban las tormentas que pudieran surgir.
